在吏治整顿中，对于那些为非作歹，拒不听命的官员，刘铭传也该革的革，该杀的杀，该撤的撤，该办的办。宜兰县令王家驹公然勒索富绅周家芳，为周家就范，还把周家芳的兄弟抓了起来。周家向刘铭传告状，刘令王家驹放人，可王拒不听命。刘铭传派人查清况后，得知王家驹在办理捐款中收受贿赂，随意增减甚至免除数额，存在“诸多不公”。于是立即弹劾王家驹，将其革职查办。

台湾军政官员主要来自地，多于湘系和淮系。文官知县以上，非湘即淮。刘铭传主台前，台湾是刘璈一统天；刘铭传上任后，淮系后来居上。从势力范围看，淮系控制着台北、台中一带，而台南则为湘系所把持。刘璈是湘系在台湾的面人，此人为官二十余载，其势力盘错节，布满要津。应该说，刘璈主台多年，对台湾的防卫和建设亦有功劳。据《台湾通史》记，光绪十一年(1885年)二月，孤攻台南，托英国领事约刘璈来船上谈判，左右都劝说不能去，但刘璈答曰：不去以为我怕他，咄，我岂是畏死之人？临行前，他指示炮台，如遇警即开炮，不要考虑我在敌船上边。孤置酒相迎，言谈中威胁说，台南城池小，兵力弱，将以何战？刘璈回答说：“然城，土也，兵，纸也，而民心，铁也。”孤默然，法舰亦去。

刘铭传抚台六年，殚竭虑，勇于任事，其公认的五大功绩有办防、抚番、清赋、新政和调整行政区域，而且每一项功绩都可载史册。特别是他推行的新政，如电线、电报、电力、邮政、船、学堂等一系列新兴事业，都有开创，有目共睹。当时，大陆铁路还是禁区，但他却率先修了一条基隆至台北的铁路(这是中国人自己修建的最早的铁路)。此外，还有两条海底电缆，一条由沪尾海至福州石川，全二百一十七公里；一条由安平海至澎湖妈港，全九十八公里。

刘铭传抚台后，二刘一直不和。刘璈依仗左宗棠等湘系大员的支持，多次纠弹刘铭传和淮系官吏，刘铭传对此痛恨不已。中法战事一结束，他便腾手来拿刘璈开刀了，先后查他的问题共十八条。如，利用手中的职权常年吃空饷；虚支款、扣存冒银、任意冒销，可谓“贪污狡诈，劣迹多端”等等，奏请朝廷将其革职。不久，朝廷派员查，基本属实。光绪十一年（1885年）十月间，清廷连续旨，认定“该革(刘璈)以监司大员总理营务，辄敢虚支款，任意冒销。律以监守自盗，罪无可辞”，决定以斩监候(即死缓)，后改为放黑龙江，并对其所有家产(包括任所、原籍) 一并查抄。

刘铭传的新政充满了创新神，“于举国未为之日，独先为之”。在他的大力推动之，台湾很快从一个半开化的府一跃成为“全清国最步的一省”。曾任中国海关税务司的士称刘是一个“伟大的巡抚”，并说无论在行政上的革新，还是在工业上的改革或改革尝试上，刘铭传都走在了全国前列。随着时间的推移，人们对他的评价也越来越。有人把他称作“伟大的国者”“台湾的现代化之

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然而，对于这样的批评也有不同的看法。或许，刘铭传对刘璈的置掺杂了派系因素，但那“辅佐”的假设也只是假设而已，或许只能是一厢愿。

在办理此案中，对于刘璈的同伙和党羽，刘铭传也一并行了清除。原提督登玉被从重“发往军台效力赎罪”；原同知胡培滋被革职，驱除回籍，“永不叙用”；原副将张福胜、原知府刘济南等也“一并革职”。

刘铭传在台湾掀起的反腐风暴来势凶猛，一时间官场震慑，风气大变。但也有人指责刘铭传，说他借整顿吏治清除异己。特别是刘璈一案，众说纷纭。台湾史学家连横说过，刘璈有“经国之才”，如果刘铭传不将其治罪，而用他来辅佐自己，则刘铭传治北，刘璈驻南，以此经理台疆，南北俱举，必有可观。可惜的是，刘铭传不能容他。连横为此叹：“非才之难，而所以用之者实难，有以哉!”

据史料记载，刘铭传主台后，查办的官员不在少数。镇海前军记名提督方发剋扣饷银，勾结知县陈海贩运烟土，听任，以致营务废弛；镇海前军右营总兵桂占彪“减发银两，扣发存饷”，紊营规，实属大法纪；游击郑有勤、守备张安珍、候补知县徐石麒、县丞凌云等“侵冒饷银”“怂恿为”等等……对于这些违法违纪官员，不论何人，所任何职，刘铭传一律严惩不贷，绝不姑息。

不过，有一可以肯定，刘铭传治台数年，并非完全以“派系”画线，以“门”取人。比如，他对陈鸣志的任用就很说明问题。陈鸣志系湘人，官居江苏候补。刘璈革职后，刘铭传提议用他时，有人在他耳边嘀咕说：“湘人门重，台南将吏皆湘人，陈亦湘人，恐对公不利。”但刘铭传看到了陈鸣志的能力，持使用，后来陈鸣志在任上果然得不错，成绩显著，广受好评。光绪十三年（1887年）四月，刘铭传还专门打报告为陈请赏，称他“自署任以来，整顿营务吏治，不惮劳怨，于军务、洋务尤为熟悉，为员中不可多得之员”。