，由于牵涉到党祸问题，他又差儿没有当成。东林党担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，东林党人将再次受到打击，因此一致反对立其为新君，主张拥立潞王。

东林党以张慎言、吕大、钱谦益等为首。张慎言时任南京吏尚书，他以曾举荐赵南星而在党地位显赫。吕大时任南京兵右侍郎，钱谦益则是在野的党首。诸人认为朱由崧有“贪、、酗酒、不孝、、不读书、预有司”之“七不可”，从而主张“立贤”。

“贤者”，即潞王朱常淓，明神宗朱翊钧之侄。清军关，朱常淓随军南渡江，寓居杭州。后来清军兵临杭州，朱常淓投降，“兵杭，市不易肆”——天翻地覆，老百姓还照样上街打酱油，几乎就是和平演变。导演这一幕的朱常淓，似乎不是一般的“贤”。

究竟是立朱由崧还是立朱常淓，作为南京兵尚书的史可法，这时的态度举足轻重。张慎言等致书史可法，以“七不可”反对立朱由崧。时任淮扬巡抚的路振飞，也致书史可法，认为：“议贤则，议亲则一，现在惟有福王”，提醒史可法“序当在福王，宜早定社稷主”。对官员中的分歧，以及立潞王与福王的后果，史可法掌握得最为全面，其实也最清楚。但在关键时刻，史可法则完全倒向了东林党一边。

史可法仕较晚，东林彩并不突，也未度介天启与崇祯朝的“党争”，为什么会作这抉择？很重要的一条，是书生怀，而不是政治谋略。

史可法自东林党骨左光斗门，左光斗对其有着不同寻常的知遇之恩。左光斗视学京畿时，尚为一介书生的史可法苦读寺中，左光斗偶然发现后对其大为赞赏。左光斗主试时，当听到门史唱史可法的名字时，“瞿然注视”，当即“面署第一”。在史可法拜见左夫人的时候，左光斗更是当着女的面，对史可法赞不绝：“吾诸儿碌碌，他日继吾志事，惟此生耳。”乡试后左光斗将史可法请到家中，与自己的弟一起读书，以参加会试。在左府，有一天史可法将左光斗的官服穿在自己上，恰被左光斗撞见，史可法满面通红，十分尴尬，左光斗笑着对史可法说：将来，你一定比我更有成就，我这官服其实是不上你的！

左光斗对史可法的关怀无微不至，二人“不啻家人父之”。

于对东林党的特殊，史可法既明白路振飞所讲的理，又担心东林党所预见的后果，最终战胜理，他决定支持张慎言，并面去持不同意见的凤总督士英的工作，理由就是东林党提的“七不可”。

其实，史可法并不了解朱由崧其人。真实的朱由崧，形象被清朝严重污化。东林党所言的“七不可”，除了“不孝”是指朱由崧仓皇逃中半与母亲走失外，其余“六不可”很难找到事实的支撑。

在议立新君的要关，史可法亲自写信给士英，明言朱由崧“七不可”，要求士英支持东林党与自己的主张。但是，士英收到史可法的私笔信后，将其作为公函予以收文，并加盖督印予以存档。

史可法作为主持大局的兵尚书，完全清楚南方官员在册立新君问题上的大分歧，也完全清楚这分歧面临的后果，但竟然于意气，给士英写了一封信。送给士英的私信后，史可法立即又犹豫起来。真实的心里，史可法认为序迎立福王是对的。于是，史可法又试图说服东林党人，放弃迎立潞王：“以齐桓之伯也，听仲则治，听易牙、开方则。今吾辈之所立者，岂其不惟是听，而又何患焉？”

史可法给东林官员讲历史故事，目的是想他们不固执己见，但明显又是两不讨好——赞成潞王与反对潞王，赞成福王与反对福王，史可法都不是旗帜鲜明。不表态，让人琢磨，这也是史可法的工作方法与策略。但是，没有人来帮史可法解，他还得自己拿主张。犹疑纠结的史可法，接着想到了折中。他亲自前往浦，与凤总督士英密议。最后，二人达成共识：拥立远在广西的桂王。在谋立桂王时，史可法再一次表现他的实诚——他详尽地论证了朱由崧德才不备，本就不能立为新君。