黄巾起义之后，各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公，骑白的就自称张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐，大的就说大目，如此多的称号，都各有原因。

后来，张燕渐渐率兵侵犯河郡，京师。朝廷任命朱儁为河太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说：:“我知了！贼人的外围固，营急，求降不得，想也来不得，所以他们殊死战斗。

于是令解围。韩忠见围解，果然引军战，朱儁乘势击，大破其军，追击十余里，斩杀。

人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的。

黄巾义军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌。于是解散城围，扎营垒，筑造土山，面对城。

朱儁的司张超及徐璆、秦颉皆听之。朱儁不同意，他说：“兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋他们造反的意念，给他们有利就战，不利就乞降的想法，这是纵敌寇的策略，不是良计。”说完，令急攻，但一连数日，都未能攻克。

韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠。黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀数万。黄巾因此破散离。

鸣鼓呐喊，摆攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁却自率兵五千，攻东北，将士鼓勇，登城而人，韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。

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使者到朱儁府上后想要宣示诏命，朱儁决推辞，不肯接受，却乘机说：“国家西迁，必孤天之望，以成山东之衅，臣不见其可也。”

公元189年（中平六年），董卓把持政权。因朱儁是功望重的将领，董卓对他格外小心。外表与他亲近结，心则对他颇为忌惮。

公元190年（初平元年），关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，兵锋甚为盛。董卓到恐惧，想请公卿们商议迁都安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对，但贪图他的名，于是上表奏请朱儁为太仆，自己的副手。

使者又问：“迁都的事，我从没听到过。就算朝廷有此打算，也还没有透来，您怎么知的呢？”

据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。

万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！攻的害太大了。不如把包围撤除，集合队城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己来，等他们来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”

公元185年（中平二年）天，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加邑五千，改封钱塘侯，加位特。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。

朱儁说：“副相国，我不能胜任，迁都计，也不是急事。辞却不能胜任的职务，说不关急的话，是我们臣的本分。”

使者听了，很奇怪，问他：“召您受任，您决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”