成为了波的一员。这些人虽然失去了信仰的神灵，但仍然保留着神力或者灵力，他们的后代也通过血脉继承了这些力量。拥有相同能力的人逐渐聚集起来，使用新的力量行战斗，为了区别他们与波，人们赋予了他们一个新的称号忍者。

忍者是收了术、佛教、神教、武士、波等多类粹的能力者，六更是其中的大能者，他从能力者中脱颖而，将忍者纷繁杂的能力加以梳理，创立了完整的力量系，因而被尊称为忍者的始祖。

因为忍者的现，波逐渐退了历史舞台，但即便拥有了更加大的能力，忍者仍然和波一样，在很一段时间里被看是檐猴瓦鼠之，认为他们只能担当报搜集、报加工、游击战、夜袭、暗杀一类的任务。直到西渡五百多年后，因为风之国西的药师寺氏和井伊氏之间年发生战争，西的对、石见、丹等地的国人、豪族与百姓不堪其扰，要求两氏军队移往别战，在无效后以武力驱逐了两氏在本地的势力，并缔结为一揆地方同盟，共同理这些地区。药师寺、井伊等多个氏族联合对他们行镇压，却多次被同盟雇佣的忍者军团击败，这样的状况一直持续了好几年，才被风之国大名镇压去。

而后又有发生于之国的石城之战，石城坐落于之国北的群山之间，因此又称为砥石城。此地属田村氏统辖，芦名氏想趁田村氏之际吞并石城，却率攻不破，后来雇佣了聚居于附近的忍者无月氏协助攻城，田村一门统领田村久秀战死，石城陷落。

但让忍者正面作战能力名声大噪的，仍要数土之国尼氏与六角氏之间爆发的钩之阵战役。这场战役也让忍者森之千手一族名声鹊起，声威响彻西大陆。

尼氏与六角氏都于源氏佐佐木氏，两氏因观音寺地区的年贡归属而爆发战争，尼氏将领持清在观音寺的钩村设立本阵，准备迎击六角镜松所率领的军队。但六角镜松先发制人，聚集了千手一族的数百名忍者趁夜对钩之阵发起了袭击。整场战斗只持续了一个小时，尼持清战死，尼军在撤退途中遭遇六角镜松伏击，几乎全面崩溃，尼氏自此元气大伤。

从后世的历史观来看，忍者军团替代武士阶层成为战争主要战斗力其实有迹可循。战国时代战争频繁，每一次战争的兵役和军费都需要家臣分摊，但战争的收益却并不一定能够达到所付的成本，有的家臣因此而抵制大名发起的战争。

此外，战争中的士兵大多数是由领地的农民征召而来，参与战斗必然会耽误耕，受此影响，大名一般只能在农闲时发起战争。而领主为了保证士兵征召，通常采用减免年贡和劳役的方式，加重了发动战争的经济负担，尤其是远征更是费大。更重要的是，随着战争规模的扩大，由多个领地的骑武士组成的骑兵队已经无法满足战争的需求，步兵成为了主要战斗力，而相比由普通武士组成的步兵，忍者的速度更快、机动也更。在这些原因，忍者军团的现并得以发展也是很正常的。

如后世的历史学家所说：战争的形式已经发生大的变化，但地方武士们却还享受着属于自己的生活。忍者军团代替武士成为主要战斗力，已是毋庸置疑的事实。

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