同时旨将西方宗教与西方科学作了区分，调「节取其技能」，《皇舆全书》的作者们明白传教士的来华目的是为了传播天主教，介绍西学不过是传教的手段，因此《皇舆全书》的作者们在讚扬西学的同时指「盖借推测之有验，以证天主堂之不诬，用意极为诡譎」。

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煌在览读之后，旨将西方传教士的着述，包括西洋的数学、算学、天文、地理、仪及机械等方面的着作，而被收录的书籍包括有《泰西法》、《西儒耳目资》、《坤舆图说》、《乾坤义》等俱应收录于《皇舆全书》中。

此书耗时六年，截至煌羽六十年，八书陆续完成，全书共抄七，约十六亿字，第一存于北京垣日皇文渊阁，第二存于东圣京(今瀋)文溯阁，第三存于南京的大明文源阁，第四存于承德避暑山庄文津阁，合称「廷四阁(或称「北四阁」)」，并只准许皇家、王公或翰林官员等阅览，其馀三则分别存在镇江金山寺的文宗阁，扬州大观堂的文匯阁，杭州西湖行孤山圣因寺的文澜阁，即「江南三阁(或称「南三阁」)」，各抄本一，而为便于士院抄阅副本存京师翰林院，其中文渊阁本最早完成，校勘更为闢、字更为工整。

、越南、印度以及欧洲人的一些着作也给编，为后人提供了较完善的文献资料。

在四者，以214个首分类，一一列《广韵》、《集韵》、《韵会》、《唐韵》等韵书的音切，并注有「反切」、「直音」两注音、、及参考等，多引《尚书》、《孟》、《庄》、《荀》、《世纪》、《左传》等经、史、、集之书为证，书中并韵母、声调以及音节分类排列韵母表及其对应汉字，另外附有《字母切韵要法》和《等韵切音指南》并将康熙字典的缺一一重新杜撰。

这些书籍分为「着录」、「存目」与「禁燬」三类理，符合分条件的，被列为「存目」，只存书名，不收其书，「抵本朝」之书一概「禁燬」，符合收录条件的「着录」，着录书则经过整理、校勘、考证后，特定格式重新抄写存，誊写完成后，还要与原本反覆校勘，最后收录的图书有六千四百六十。

在五者是收录西学，煌对对西方科学书籍作较的评价：「欧罗人天文推算之密，工匠製作之巧，实逾前古，其议论夸诈迁怪，亦为异端之尤，国朝节取其技能而禁传其学术，存意，应予以撰述」。

在编纂《皇舆全书》的过程中还寻回和修復了不少早已失传的中国古籍，其取材则唐宋间数大类书，如《艺文类聚》、《初学记》、《太平御览》等最多，而诸经註疏及他书，凡可搜者无不遍。当时学者从事此业者甚多，不备举，而国翰之《玉函山房辑佚书》，分经史三，集所辑至数百，他可推矣，遂使《汉志》诸书、《隋唐志》久称已佚者，今乃累累现于吾辈之藏书目录中，虽復片鳞碎羽，而受赐则既多矣，实是自清末以来最最全之书。

《皇舆全书》为了观与便于识别，採用分装帧，经绿，史白，月红，集黑，四颜的确定，依夏秋冬四季而定，《全书总目》因为是全书纲领，採用代表皇帝的黄。

再六者，更将明、清、颂三朝的功与过清朝之《明史》、《清史稿》、颂朝之《颂史撰》三书重新编辑，是一纪传的史书，全书共八百三十二卷，计本纪八十八卷、志八十五卷、表八十卷、列传四百二十卷，记明、清、颂三个朝代佚事，起自明太祖洪武元年，迄于颂哀宗年间，共计八百一十年。

《皇舆全书》还收录了当时在全国各地徵收的通图书，明、清、齐、颂、曌五朝廷收藏的图书以及明《永乐大典》、清《康熙字典》、《四库全书》中辑来的珍本善本，徵收准则以阐明学治法、考典章、九百家之言为优先，族谱、尺牘、屏障、寿言、唱酬诗文等等则不在考虑之列，据统计，光是从全国各地徵收得的图书就达95000。

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